Majir, setelah runtuhnya kerajaan Majapahit, munculah kejayaan kerajaan-kerajaan Islam di bumi nusantara. Di pulau Jawa sendiri, Kerajaan Demak menjadi barometer kerajaan Islam di nusantara pada saat itu. Pada era kepemimpinan Radah Patah, Kerajaan Demak didukung sepenuhnya oleh Wali Songo. Raden Patah mendapatkan perintah langsung dari para Wali untuk menyebarkan agama Islam di seluruh nusantara sehingga Raden Patah memerintahkan para santri dari punggawa kerajaan untuk ikut berpartisipasi menyebarkan agama Islam. Diantara punggawa Kerajaan Demak yang diperintahkan adalah Janiman Joyonegoro beserta istri dan adiknya yang bernama Janoko Joyonegoro dimana mereka bertiga mendapatkan perintah untuk menyebarkan agama Islam di daerah Jawa Tengah bagian selatan.

Setelah beberapa lama menunggangi kuda, sampailah mereka bertiga di suatu daerah dimana daerah tersebut adalah merupakan Desa Majir. Di daerah tersebut Janiman Joyonegoro berganti nama (menyamar) sebagai Bayan Iman. Berkat dukungan istri dan adiknya, Janiman Joyonegoro berhasil menyebarkan agama Islam di daerah tersebut dan beliau membangun sebuah Masjid di desa Majir dengan ornamen mirip Masjid Agung Demak. Setelah wafat, Janiman Joyonegoro beserta istri dan adiknya dimakamkan di desa Majir dimana beliau dimakamkan di Makam Nyamplung, sedangkan istri dan adiknya dimakamkan di belakang Masjid desa Majir.

Nama Majir sendiri menurut beberapa sumber yang pernah menceritakan asal nama Majir ada beberapa versi. Salah satu versi menceritakan bahwa Majir berasal dari kata "Mak Jer". Konon jaman dahulu kala di wilayah ini ada pande besi, ketika akan membakar besi dari tungku api yang keluar kecil dan susah dinyalakan, cuman "mak jer" yang dalam bahasa jawa berarti susah nyala. Akhirnya pande tersebut pindah ke wilayah selatannya yaitu desa Suren, yang sampai saat ini terkenal dengan sentra pande besinya.

Dalam versi lain Majir berasal dari kata "Manunggaling Jiwo lan Rogo" yang dalam bahasa Indonesia berarti menyatunya jiwa dan raga.

Dalam Tata Pemerintahan Desa Majir tercatat pernah mempunyai Kepala Desa diantaranya :

1. Joyodipuro
2. Notonegoro
3. R. Jiwo Wirono
4. Singowirono
5. R. Joesman
6. Martomiharjo
7. Kuwadi Partorejo
8. Tumbal
9. Gatot Sugiharso
10. Budi Sunaryo
11. Budi Teguh Pamuji